Los investigadores de la Biblia pronto se sintieron ante un jeroglífico divino. Antes de preguntarse por el autor o autores sus lectores se preguntaron por cuestiones nacidas de su misma lectura. Pronto descubrieron estos contradicciones en el texto mismo. La sucesión de sucesos no siempre es la misma, cambia con los relatos. Determinados hechos se narran dos veces, se repiten y no siempre de igual manera. Y lo que unas veces se atribuye a los moabitas otra la hacen los madianitas. A veces Moisés cuenta hechos ocurridos después de su muerte.
Al inicio se rechazaron enérgicamente los argumentos de quines cuestionaban la autoría de Moisés del Pentateuco. Orígenes y compañía sostenían que las contradicciones en ellos eran sólo aparentes, serían breves comentarios añadidos al texto original. Los sucesos ocurridos tras su muerte y relatados por él se solventaban diciendo que Moisés era profeta.
Ya en la Edad Media exegetas como Rashi en Francia y Nachmanides en España trataron de encontrar modos de resolver las contradicciones detectadas en los textos.
En el S. XI el médico judío Isaac ibn Yashush detectó listas de soberanos edomitas posteriores a la muerte de Moisés, concluyendo que la lista proviene de alguien que vivió después de Moisés. Y Abraham ibn Esra le denominó por ello «Isaac el torpe», invitando a quemar su libro.
De todas formas Abraham ibn Esra tuvo sus dudas sobre el tema al ver que Moisés en algunos relatos hablaba en tercera persona, utilizaba expresiones que no podía conocer por entonces o se citaban nombres posteriores a la muerte de Moisés.
En el S. XIV el erudito Bonfils de Damasco demostró que líneas escritas atribuidas a Moisés pertenecieron a profetas posteriores a él. No negó que el Pentateuco fuera inspirado pero sostuvo que Moisés no pudo escribir todo. Fue censurado.
En el S. XV el obispo de Ávila Tostatus sostiene que el relato de la muerte de Moisés no lo pudo escribir el mismo Moisés.
En el S. XVI Carlstadt, que juega un papel importante en la vida de Lutero, descubre que el relato de la muerte de Moisés está escrito en el mismo tipo de letra que los textos que le preceden, por tanto alguien ha metido mano en el texto, surgiendo la pregunta de qué es de Moisés y qué de otro autor.
El problema se soluciona diciendo que Moisés habría escrito los cinco libros, pero que a estos alguien habría añadido comentarios, una frase aquí, allí un modismo o un dato nuevo. En este siglo el flamenco Andreas van Maes y los jesuitas Benedicto Pereira y Jacques Bonfrère presentan un texto de Moisés, ampliado por otros, sosteniendo que con posterioridad alguien añadió nombres de lugares, modismos verbales. La Iglesia condenó esta teoría.
En el S. XVII los investigadores llegan a la conclusión que Moisés no escribió la mayor parte del Pentateuco. El filósofo inglés Thomas Hobbes reunió muchas afirmaciones y datos de los cinco libros inconciliables con la autoría de Moisés. El calvinista Isaac Peyrère sostiene que Moisés no pudo ser el autor del Génesis por diversas discrepancias. Su libro fue quemado. Por el mismo tiempo el filósofo holandés Baruch Spinosa sostiene que a lo largo de los cinco libros hay muchas cosas contradictorias e inexplicables: relatos sobre Moisés en tercera persona que Moisés no pudo hacerlos, el relato de su muerte, nombres de lugares y personas aparecidos surgidos después de su muerte como la lista de los reyes de Edom. Concluye: “es claro que no pudo escribir Moisés sino alguien que vivió después de él». Fue expulsado del judaísmo y sus obras proscritas. Un sacerdote católico francés, Richard Simon, escribió que aunque el meollo del Pentateuco era de Moisés había añadidos tomados de textos antiguos, ensamblados y elaborados por manos ajenas, eso sí, conducidas por Dios.
Se descubrieron dobletes, repeticiones de textos. Algunos episodios se narraban dos veces: la creación del mundo, la alianza entre Dios y Abraham, la historia como Dios da a Jacob el nombre de Israel y cómo Moisés hace brotar golpeando la roca. Tratan de resolver el tema diciendo que los repetidos no se contradicen sino que, su aparente contradicción, es una lección. Pero los investigadores descubren que una de estas dos versiones denomina a Dios Jahvé y en la otra sencillamente Dios, El, Elohim, y eso en todos los casos. Luego se van descubriendo nuevas y más características diferentes en una y otra versión.
En el S. XVIII H.B Witter, Jean Astruc y J.G. Eichhorn descubren que una de las dos versiones de las historias del génesis de Moisés tuvo que ser un texto antiguo, que utilizó Moisés para escribir su relato. Luego pensaron que las dos eran documentos antiguos utilizados por Moisés para escribir su relato. Llegando finalmente a la conclusión que ambas fuentes tenían que proceder de autores que vivieron después de Moisés. Cada paso en la investigación suponía un no a la tradición revelada, a pesar del rechazo oficial por parte de la Iglesia, un adiós a Moisés como autor.
A inicios del S. XIX se amplió la hipótesis de las dos fuentes a cuatro. Se descubrieron en los cuatro primeros libros no sólo dobletes sino incluso tripletes. Y W.M.L. De Wette apuntó en su trabajo de doctorado que el quinto libro de Moisés, el Deuteronomio, era un documento totalmente distinto a los otros tres.
Se iba descifrando el jeroglífico bíblico, cuando menos en los relatos bíblicos del Pentateuco o Torá se había encontrado cuando menos cuatro fuentes: la J (Jahvé), la E (Elohim), la P (Priester=sacerdotal) y la D (Deuteronomio).
No era Moisés el autor del Pentateuco, ¿pero cuándo se escribieron y quiénes fueron sus autores?