La conquista de Navarra de 1512-1530 no fue solo un acontecimiento de índole militar, sino que trajo consigo también, como demuestra Pedro Esarte, el sometimiento del reino a nivel político, administrativo, judicial y eclesiástico. Y tal vez el último de estos aspectos sea el menos conocido de todos. Desde el momento mismo en el que los españoles pusieron un pie en Navarra trataron de someter a su estructura eclesiástica, mayoritariamente legitimista, conscientes de la importancia que la iglesia tenía en la moral y en la mentalidad de la época.
Desde un principio aprovecharon cualquier circunstancia para sustituir al viejo clero navarro por personajes afectos al nuevo régimen. Así, boicotearon la designación de Ramiro de Goñi como obispo de Pamplona a la muerte de Amaneo de Labrit, e hicieron otro tanto con el prior del monasterio de Roncesvalles, que era el segundo cargo eclesiástico del reino tras el propio obispo. Hace ahora justamente 492 años, el 10 de marzo de 1520, asaltaron el monasterio de Urdax-Urdazubi y detuvieron a su abad, Juan de Orbara, y poco después los Beaumont enviaban a sus matones a dar una paliza a Miguel Cruzat, canónigo ya anciano de la catedral de Pamplona que, aunque era de familia beaumontesa, no estaba de acuerdo con los desmanes que se estaban llevando a cabo y se negaba a seguir los dictados de los ocupantes.
No obstante, tal vez una de las instituciones religiosas más castigadas por la guerra fue el viejo monasterio de Roncesvalles-Orreaga, que había sido ya saqueado e incendiado en el año 1516. Seis años después, el 10 de marzo de 1522, cuando aún la abadía no se había recuperado del anterior ataque, una compañía de soldados españoles y beaumonteses llegó con intención de atrincherarse entre sus muros, puesto que venían seguidos de cerca por el capitán Jaime Bélaz de Medrano, a quien acompañaban los también legitimistas señores de Olloki y Alzate. Aunque pusieron cerco al monasterio no pudieron apresar a sus ocupantes, puesto que llegaron refuerzos españoles y ellos mismos tuvieron que huir y encerrarse en la iglesia de Ziga. Tras el abandono de Roncesvalles por sus asaltantes, los monjes del monasterio comprobaron con tristeza que habían destruido la techumbre del claustro y el dormitorio monástico, acrecentando la ruina de la antiquísima y simbólica abadía navarra.
