EL 30 de marzo de 1523 fueron condenados a muerte por los españoles los hermanos Juan, Valentín y Esteban, hijos del ex-justicia de Pamplona Pedro de Jaso. Los tres eran primos hermanos de Miguel y Juan, los hijos del señor de Xabier. Esta era una nueva condena a muerte para una familia que había visto cómo en pocos años la mayor parte de sus miembros se habían convertido en proscritos por defender a su rey legítimo y la libertad de su país. Condenados a la pena capital sí, pero ¿qué podía significar eso para unos hombres que llevaban casi ocho años viendo pasar a la muerte por delante de su cara casi a diario?
En el caso de Miguel, el heredero del castillo de Xabier, y su hermano Juan no contaban sino con veintiún y diecinueve años cuando se enfrascaron en la lucha por la libertad. Poco antes, en 1515, había muerto su padre, quien había tratado de capear la situación tras la invasión de 1512 contemporizando con los castellanos. Sin embargo la muerte de Fernando el Católico en enero de 1516 hizo que muchos navarros pensaran que todo era posible, incluso que Navarra podía ser libre de nuevo. El castillo de Xabier se convirtió en uno de los centros neurálgicos del intento de sublevación del reino desde donde Miguel llegó incluso a arrestar al alcaide español de Sangüesa. Por su parte Juan acompañó al mariscal en el desastre de Isaba, pudiendo escapar de la derrota a uña de caballo. La consecuencia directa de sus acciones fue el derribo de las murallas del castillo de Xabier y la proscripción de ambos hermanos.
Persecución, exilio y miedo fueron las palabras que dominaron la vida de Miguel y Juan durante muchos años. En 1521 llegó el momento de gloria, hermoso pero breve. Ambos participaron en la recuperación de Pamplona como miembros del ejército de liberación que acudió a Navarra para expulsar a los españoles. La nueva derrota en Noáin el 30 de mayo de 1521 no los hizo escarmentar, pues para el otoño de ese mismo año ya se encontraban entre los hombres que se encargaron de tomar el castillo de Amaiur y la villa de Hondarribia.
Miguel fue hecho prisionero cuando la fortaleza baztanesa de Amaiur cayó en manos españolas, mientras que Juan pudo escapar tras ver cómo caían los muros que defendía su hermano. Por los pelos pudo escapar Miguel de Xabier de su prisión mientras sus compañeros de armas eran asesinados vilmente en las mazmorras de Pamplona. De inmediato marchó para Hondarribia, donde ya se encontraba su hermano enfrentándose de nuevo a los españoles. En febrero de 1523 el emperador hizo público un perdón general para todos aquellos navarros que habían participado en la guerra a partir de 1521. Lo importante de dicho documento no son los perdonados, sino los que aparecen nominalmente excluidos. Entre ellos, en quinto y sexto lugar, Miguel de Xabier y Juan de Azpilkueta.
Finalmente poco más pudieron hacer. Ocho duros años de guerra habían transcurrido desde el alzamiento de 1516. Muchas cicatrices, muchos compañeros caídos, demasiadas penurias. El perdón que les sería ofrecido por el emperador en febrero de 1524 fue la puerta para acabar de una vez con el duro peso de la guerra. Podrían volver a su añorado castillo de Xabier, volverían a ver a su madre y a su pequeño hermano Francisco, recuperarían una vida que habían perdido durante mucho tiempo. Y así lo hicieron, aunque con muchas cicatrices y el eterno estigma de los perdedores.