Iruñea en la Alta Edad Media no era una ciudad homogénea como la conocemos actualmente, sino que en ella cohabitaban a parte de los vascones, también gascones, judíos y francos, estando poco mezclados y viviendo de hecho, en tres poblaciones diferenciadas y enfrentadas en numerosas ocasiones. La población más antigua de la ciudad era el burgo de la Navarrería, que aumentó su población gracias a la protección dada por Sancho III el Mayor, y situada en las zonas próximas a la catedral románica de la época.
Este rey navarro también creo el barrio de San Miguel cuyo origen es debido a un albergue de peregrinos y a un hospital, dependientes de la catedral, el cual llegó a tener personalidad propia. Es concretamente durante el reinado de Sancho VI el Sabio, cuando este barrio se convierte en burgo durante la reprobación del año 1154, año en que también se forma un barrio judío o judería, el cual estaba situado dentro del burgo de la Navarrería.
El obispo Pedro de Rada auspicia la formación de un nuevo barrio a las afueras de la Navarrería, pero es en el año 1129, durante el reinado de Alfonso I el Batallador, cuando se reconoce legalmente la existencia del burgo de San Cernin, el cual estaba poblado íntegramente por francos, tras recibir el fuero navarro de Jaca, junto algunos privilegios más. Los habitantes de este burgo, contaban con la impresionante iglesia-fortaleza de San Saturnino, cuya construcción se concluyó a principios del siglo XIII.
Contiguo al burgo de San Cernin se construyó un nuevo barrio, conocido por como burgo de San Nicolás. Este nuevo asentamiento estaba formado por diferentes gentes, no solo francos, sino también por campesinos vascones, más artesanos y comerciantes gascones, etc, cuya parroquia a parte de servir de lugar donde realizar los oficios religiosos, fue utilizada como bastión militar y defensivo ante los ataques provenientes del burgo de San Cernin.
A pesar de que los tres burgos estaban bajo mandato del obispo de Iruñea, muy pronto surgieron los conflictos. El burgo de la Navarrería se encontraba molesto por los privilegios otorgados al burgo de San Cernin por Alfonso I, a lo que se sumó la disputa por la tierra de nadie existente entre ambos burgos, que fue otorga finalmente por el rey Sancho VI el Sabio, al burgo de la Navarrería.
Los enfrentamientos militares se remontan hasta el año 1180, firmándose una tregua de veinte años en el año 1213, la cual es rota por los ciudadanos de San Cernin al atacar y destruir la iglesia-fortaleza de San Nicolás en el año 1222, reconstruida posteriormente y consagrada en el año 1231. Los enfrentamientos prosiguieron durante años, debido principalmente a la construcción del muro que las separaba y a la utilización del foso. Posteriormente ambos Burgos se unirían y atacarían el burgo de la Nabarrería.
Enrique I el Gordo, autoriza al final de su reinado, la fortificación del burgo de la Navarrería, lo que desencadena un nuevo enfrentamiento con el burgo de San Cernin. La prematura muerte de Enrique I, en el año 1274, junto a que la heredera Juana contaba con tan solo dos años de edad, provoca un nuevo enfrentamiento, esta vez por el poder, que acabaría desencadenando la conocida como guerra de la Navarrería.
El rey Alfonso X de Castilla, en el año 1275, intenta negociar el matrimonio de la joven Juana, pero ésta ya estaba comprometida con el delfín de Francia, Felipe el Hermoso. Un año después se desencadena la guerra civil en Iruñea. Las catapultas no paraban de trabajar, atizadas en la Navarrería por el odio de García Almoravid, mientras que el gobernador de Navarra envía emisarios a Paris, para informar al regente, el soberano francés.
El rey de Francia envía un nuevo gobernador, Eustaquio de Beaumarchais, el cual debe despachar con las pasiones más violentas y un fanatismo totalmente encolerizado. El obispo de Iruñea se niega a recibirle, bajo el pretexto que solo el obispo tiene autoridad para mandar en la Nabarrería y no el gobernador.
Los obispos amenazan con excomuniones, lo que provoca que el regente francés, envíe como mediadores a Gastón de Bearn y al prior de Saint-Guilles, sin conseguir ningún resultado, siendo incluso asesinado durante la corta tregua el señor de Cascante. García Almoravid y los demás jefes de la Nabarrería, piden apoyo a los castellanos, los cuales se detienen en la sierra de Erriega, mientras que un poderoso ejército francés comandado por Roberto de Artois, tío de la joven Juana de Navarra, junto al condestable de Francia, toman posiciones alrededor de la Navarrería.
García Almoravid comunica a la población la llegada de los castellanos o «libertadores», lo que provoca que las gentes del burgo de la Navarrería bailen llenas de esperanza y alegría, lo que es aprovechado por el propio Gracía Almoravid, junto a varios de sus compinches, para huir por una falla realizada por los asediantes franceses, mientras los castellanos volvían a su país.
Al amanecer el condestable francés ordena el asalto de la Navarrería. Las tropas francesas no encontraron ningún tipo de resistencia, comenzando un saqueo metódico, anhelantes de riqueza y violencia. Se mató y se violó hasta el agotamiento por todos los rincones de la Navarrería, siendo arrasados totalmente, el burgo de San Miguel y la judería.
El Burgo de San Miguel nunca resurgió de sus ruinas, siendo el lugar una fiesta para las ratas. Además tuvieron que pasar casi cincuenta años para que fuese reconstruido y habitado de nuevo el burgo de la Nabarrería, algo que no ocurrió hasta que en el año 1324, el rey de Navarra Carlos I el Calvo, conceda el permiso necesario para ello.
Pero las disputas entre los burgos no encontraron su fin definitivo hasta el reinado de Carlos III el Noble, quien promulga el Privilegio de la Unión en el año 1423, mandando la unificación de los Burgos en un único ayuntamiento, con un solo escudo y la destrucción las murallas internas, buscando alcanzar así, una paz duradera para la vieja Iruñea.
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