Juan Sebastián Elcano nació en Guetaria y era el mayor de ocho hermanos. Su hogar debió ser el propio de una familia de pescadores. Guetaria vivía del mar y era un puerto de refugio de Guipúzcoa, al que solían llegar los pescadores vascos sorprendidos por las galernas del Cantábrico. El hecho de que gran parte de la familia hubiera estado dispuesta a acompañar a Juan Sebastián en su viaje postrero dice mucho de su carácter. Su madre tenía buen temple, pues litigó durante veintisiete años después de la muerte de su hijo Juan Sebastián, para poder cobrar los haberes que se le habían prometido y no pagado. La última reclamación por los haberes impagados de su hijo data de 1553 y cabe pensar que debió morir poco después. Es preciso añadir que la Corona fue bastante olvidadiza con este asunto, pues los descendientes de Elcano seguían reclamando en 1567 el dinero que debían al ilustre marino.
Juan Sebastián fue seguramente pescador desde su adolescencia, empezando como grumete en las embarcaciones de labor. Pero lo único que se puede asegurar es que era un buen marino y vasco de una pieza. Lo primero se evidencia por el hecho de que sus compañeros le eligieran capitán de la nave que enfiló finalmente hacia las islas Molucas y que completó luego la vuelta al mundo. De lo segundo existen algunas pruebas, como su laconismo y su forma de expresarse en castellano. Así, por ejemplo, cuando señaló que no emprendió la redacción de su diario hasta después de morir Magallanes lo dice sin más; sin explicar por qué no lo había hecho antes ni por qué se le ocurrió entonces. De su idioma castellano se tienen evidencias, tanto en su testamento como en las declaraciones que hizo a Leguizamo, y demuestran que no era su lengua materna, pues confunde los números y los géneros, suprime o emplea mal los artículos y conjuga peor los verbos. Elcano hablaba euskera y había aprendido el castellano en la escuela de la vida y, sobre todo, por sus correrías por la geografía española.
Siendo joven, Elcano logró reunir cierto capital con el cual pudo comprar una buena embarcación, pues la puso al servicio de varias campañas militares, ingresando con ella en la armada que auxilió al Gran Capitán durante las guerras de Italia. Estas incursiones como armador y soldado debían haberle reportado unos buenos ingresos, pero no recibió un solo maravedí ni por la nave ni por sus servicios personales. Con los bolsillos vacíos y la nave en Italia decidió entonces pedir dinero prestado a unos comerciantes de Saboya, ofreciendo su nave como garantía. Al no poder devolver el dinero a tiempo a los usureros, éstos le exigieron la entrega de la embarcación. Elcano tuvo que dársela y se situó entonces fuera de la ley, ya que estaba prohibido vender embarcaciones armadas a extranjeros en tiempos de guerra. Incurrió en un delito grave. La pena establecida era entregar lo recibido por la nave y confiscación de la mitad de sus bienes, amén de prisión. Elcano se convirtió en delincuente. Perseguido por la justicia y sin medios económicos, tuvo que abandonar su pueblo, deambulando por varias ciudades españolas. Su peregrinación de proscrito terminó finalmente en Sevilla en 1518, donde tuvo conocimiento del proyecto que estaba preparando el marino portugués Fernando de Magallanes para descubrir una ruta a las indias orientales por occidente, a través de un paso o estrecho por el sur de América, que llevara a las islas de las especias (las Molucas). La expedición de Magallanes tuvo gran dificultad para reclutar tripulación por lo incierto del viaje, por lo que ésta se formó en buena medida con hombres desesperados, deudores y huidos de la justicia, como era el propio Elcano. La expedición, capitaneada por Magallanes y formada por cinco naves y 234 hombres, que incluía al cronista y marino italiano Antonio Gafetta, zarpó de Sevilla el 10 de agosto de 1519, descendiendo por el Guadalquivir hasta llegar a Sanlúcar de Barrameda. El viaje estuvo plagado de contratiempos y dificultades. La travesía hasta el continente americano fue complicada: tormentas y borrascas hicieron creer más de una vez a la tripulación que acabarían naufragando en el Atlántico. Después de hacer escala en territorio americano, algunos tripulantes comenzaron a cuestionar a Magallanes, produciéndose un violento motín que Magallanes lo sofocó de manera rápida descuartizando a los capitanes que se habían alzado contra él; eso sí, perdonó la vida a 40 marineros necesarios para proseguir el viaje, entre los cuales se encontraba Elcano.
Tras la muerte de Magallanes en Filipinas en 1521 en un enfrentamiento con los indígenas, se complicó la expedición, y Elcano, tras arribar a las islas Molucas, toma finalmente el mando de la expedición. El regreso a España, con poca tripulación, fue tormentoso y tuvieron que navegar por los mares portugueses hacia el oeste, bordeando África por rutas conocidas. La travesía se hizo en unas condiciones pésimas. Finalmente, alcanzaron Sanlúcar de Barrameda el 6 de septiembre de 1522. A bordo de la nao Victoria venían dieciocho hombres cadavéricos, que no podían ni bajar a tierra: Elcano y 17 héroes más (cuatro griegos, dos italianos, un portugués, un alemán y diez españoles (vascos, gallegos, andaluces, extremeños y cántabros).
Elcano redactó una breve nota de su llegada y se la envió al emperador Carlos. Parecía un parte de guerra, pues estaba hecha con su estilo lacónico, alejado de cualquier formalismo, pues decía únicamente: “Dígnese saber V. M. que hemos regresado dieciocho hombres con uno sólo de los barcos que V. M. envió bajo el mando del capitán general Hernando de Magallanes, de gloriosa memoria. Sepa V. M. que hemos encontrado alcanfor, canela y perlas”.
Elcano solicitó al emperador Carlos por su gesta el hábito de caballero de la Orden de Santiago, la Capitanía Mayor de la Armada y un permiso para poder llevar armas, pero estos honores le fueron denegados a través de su secretario; sin embargo, el rey le concedió una renta anual de quinientos ducados, una suma importante, otorgándole también un escudo propio.
En 2017 el Archivo Histórico de Euskadi dio a conocer una carta de Elcano a Carlos I con las demandas por su proeza de haber dado la primera vuelta al mundo. También se incluye la respuesta del rey, que poco concedió de lo pedido excepto una generosa pensión de por vida, aunque Elcano nunca llegó a percibirla.
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