Salió apresuradamente y de malas maneras la noche del 21 de septiembre de 1936 de Mutriku en dirección a San Juan de Luz y regresó, 17 años después, con parte de su dignidad reconocida, para ocupar la cátedra de Cultura y Lengua Vasca de
Así lo reflejan los diarios de esos años que ayer se presentaron en Vitoria, editados por la fundación que lleva su nombre. Se trata de su «vademécum», como el sacerdote de Ataun llamaba a estas decenas de cuadernos en los que cabe desde la crítica política hasta la referencia más nimia a la vida cotidiana. Por estas páginas pasan más de un millar de personas: eruditos, políticos, militares nazis y franceses, diplomáticos y muchos ciudadanos anónimos que recabaron la ayuda de Barandiaran.
Se marchó de España consciente de la entidad del conflicto que se vivía. Como señala en una ocasión es una «guerra fascista». En otra denuncia la toma de partido del Vaticano por la causa franquista y no olvida su mirada a quienes han tenido que abandonar su hogar a causa del bombardeo de Gernika: «¡Pobres niños y pobres mujeres que ignoran el paradero de sus padres, de sus hermanos (…) Gentes que rememoran con lágrimas en los ojos los horrores que han presenciado: lluvia torrencial de bombas que, a su vista, han sembrado las calles, las carreteras, los senderos de miembros destrozados de niños, de mujeres, de campesinos que labraban sus tierras».
Los años de la guerra no acaban en 1939, ya que Barandiaran, residente en Sara, sufre también la segunda contienda mundial. Es deportado a Normandía, vuelve a Iparralde y ejerce de traductor de los oficiales nazis, ya que es el único vecino del pueblo que conoce el alemán.
Acaba la guerra y se reanuda su intensa labor intelectual con el nacimiento de la revista Ikuska. Los diarios se suspenden entre 1944 y 1946. De esta época procede un documento inédito que redactó en abril de 1946, dirigido al entonces obispo de Vitoria, Carmelo Ballester. En esa carta le explica las razones de su exilio y su negativa a regresar a España. Entre otras, esta referencia a una fosa común en la que yacen fusilados por el bando franquista en Oiartzun: «Si unos cadáveres, que ya no representan peligro alguno para nadie, no han merecido aún del Obispado de Vitoria aquel elemental respeto a que son acreedores los despojos mortales de toda persona, ¿habría de ser mejor tratado yo, que aún vivo y puedo, por lo tanto, causar algún sobresalto?».
