La conquista de Navarra por parte del rey español Fernando el católico significó para la sociedad navarra la imposición de las cargas con las que el Imperio español acostumbró a castigar a los pueblos a los que sometió. Persecución, prisión y exilio, tormento y la muerte para quienes mostraron mayor decisión en la resistencia contra España, exacciones de bienes materiales y obligaciones en trabajo para el ejército de ocupación español, e incluso la misma movilización militar, todo de forma generalizada.
El nada sospechoso Florencio Idoate, la inolvidable María del Puy Huici y más recientemente Pedro Esarte y Peio Monteano han evidenciado el carácter conquistador y represivo de aquel acontecimiento que ha condicionado hasta nuestros días el devenir de Navarra. No referiré más que a título de ejemplo una serie de hechos que corroboran lo que se afirma, más allá de los intentos de la Historiografía española de tergiversar la realidad. El cronista Correa que acompañó al duque de Alba en la primera campaña de 1512, refiere como a raíz del intento de recuperación del Reino por parte del rey Juan III de Labrit en el mismo otoño, el duque obligó bajo pena de muerte a permanecer a la población de Iruña toda una noche haciendo fogatas y gritando «España, España», por supuesto bajo pena de muerte.
A quienes siguieron a los reyes navarros les fueron confiscados los bienes, que sirvieron para premiar a los colaboracionistas y pagar a las mismas tropas invasoras. Se llegó a la instauración de procesos por rebeldía y traición en contra de quienes se mantenían al lado de los reyes, imponiéndoles la pena de muerte. La resistencia no partió únicamente de los nobles, sino que tuvo lugar en todos los niveles de la escala social y de toda Navarra desde Roncal a Tudela, pasando por Iruña. A pesar de todo, los castigos no cercenaron la capacidad de resistencia y veremos en diversas ocasiones las conspiraciones que permitirán la rebelión en 1516 y 21, dando lugar a nuevas represalias.
Las Cortes del Reino convocadas por la autoridad española, no dejaron de protestar por los continuos excesos, particularmente de la tropa de ocupación. Los visorreyes a partir del marqués de Comares designado en diciembre de 1512 encararán los trabajos de sometimiento, particularmente los relacionados con la defensa. La monarquía española utilizará las disposiciones legales vigentes, como la que prescribía la movilización de la población masculina entre 16 y 60 años -apellido- para exigir a los naturales que estuvieran en situación adecuada, recurriendo incluso al alarde. En este terreno quizás la contribución de los navarros no fue de mayor interés. Si lo tuvo la contribución en bagajes para las tropas, incluidas las acémilas. Desde los primeros años de la conquista esta contribución resultó importantísima para la actuación de las tropas españolas, como sucedió en el caso de Amaiur.
Cuando la conquista se consolidó el poder español renovó el conjunto de las defensas del territorio, atendiendo a dos aspectos; desde luego la probabilidad de los ataques franceses, pero igualmente la hostilidad de la población. Se planteó la construcción de una gran fortificación en Iruña como fundamento estratégico fundamental, previa la destrucción del sistema defensivo navarro, basado en la defensa territorial de fortificaciones comarcales de diversa índole. En la construcción del nuevo sistema se exigió a la población de toda Navarra contribuir con materiales, trabajo y acémilas. El esfuerzo resultó imponderable, bajo visorreyes como Albuquerque o Vespasiano Gonzaga. La convocatoria de gentes de Montaña y Ribera, siempre bajo el apremio de la amenaza, obligaba con mucha frecuencia al trabajo gratuito de estas gentes, con abandono de las ocupaciones de la vida diaria. Lo peor era que no recibían salario, e incluso comida, llegando a la inanición. Esta situación se prolongó hasta fines del siglo XVI.
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