El fallecimiento de Fernando el Católico, en Madrigalejo, el 22 de enero de 1516, a mes y medio de cumplir los 75 años, alimentó las esperanzas de los reyes de Navarra de recuperar el reino y las de muchos navarros que deseaban la restauración de la dinastía Foix-Albret.
A mediados de enero de 1516 los soberanos navarros habían enviado a Ladrón de Mauleón como embajador a la Corte de Fernando, a fin de tratar nuevamente sobre la devolución del reino. Dos días después de fallecer el aragonés, Cisneros escribía a Catalina III y Juan III haciéndoles saber que el aragonés se hallaba enfermo y el asunto de la restitución de Navarra habría de tratarse entre el joven Carlos de Austria y Francisco I, rey de Francia, lo que venía a significar que no existía ningún interés por devolver Navarra. De este modo, las declaraciones del cardenal ratificaron a los reyes en la idea de que solamente recuperarían el reino pirenaico por la vía armada.
La muerte del Rey Católico originó en Navarra que tanto agramonteses como beamonteses se rebelasen, entendiendo que con su muerte desaparecía el compromiso adquirido por los juramentos de fidelidad realizados al aragonés. A fines del mes de enero, Luis de Beaumont, conde de Lerín, se desplazó desde Viana a la capital navarra, donde el sector que le era afecto se rebeló contra el virrey, y se hizo con el control de Pamplona. El coronel Cristóbal Villalva (brazo derecho de Cisneros en Navarra), se apresuró a llevar a Pamplona las tropas asentadas en Saint-Jean-Pied-de-Port/Donibane Garazi, con objeto de recuperar la capital y reinstaurar en el gobierno al virrey, Fadrique de Acuña. Ante la llegada de las tropas de Villalba, el beamontés cejó en su postura, ante la disconformidad de parte de sus partidarios, y decidió devolver el poder al virrey.
Por medio de una carta entregada al cardenal por el consejero Pedro de Miranda, Luis de Beaumont justificó su actuación afirmando que desde el fallecimiento de Fernando el Católico, él siempre apoyó al virrey a pesar de que de acuerdo a las leyes y fueros del dicho reyno, le correspondía a él ser el gobernador de Navarra y no al virrey. También alegó que fue él quien logró poner paz en el reino pirenaico, destacando que en ese momento había en Navarra más paz que en Castilla.
En sus justificaciones, expuso que fue a Pamplona a sofocar la rebelión y no a liderarla, y recalcó que el coronel Villalva ha sido causa de todo el mal de este reino por llevar tropas a Pamplona sin motivo justificado. Sin embargo, Villalva, que sabía de la participación del beamontés en el levantamiento de Pamplona, había escrito a Cisneros acusando a Luis de Beaumont de traidor. Y es más, consiguió un mandamiento de destierro contra el beamontés, que llevó personalmente a Pamplona, y que finalmente no llegó a aplicarse.
Por su parte, los agramonteses se rebelaron en muy diversos territorios navarros, haciéndose con el control de muchas localidades, destacando las cabezas de merindad de Sangüesa y Olite, mal provistas de destacamentos castellanos y aragoneses. Sin embargo, la rebelión acabó siendo sofocada: los líderes agramonteses, como Antonio de Peralta, marqués de Falces, fueron perseguidos, y muchas de las localidades quedaron de nuevo bajo el control de tropas castellanas, gracias a que desde mediados de febrero desde Castilla comenzaron a llegar considerables refuerzos militares, que fueron distribuidos como guarnición defensiva entre las principales localidades navarras, con objeto de poner fin a las revueltas y evitar otras nuevas.
Los reyes de Navarra tardaron mes y medio en preparar una tropa de ataque, consistente en un pequeño efectivo de unos 1.200 navarro-bearneses, comandados por el mariscal Pedro de Navarra. Este segundo intento de recuperación se organizó sin contar con la ayuda militar de Francia, preocupado como estaba Francisco I, en concentrar sus tropas en Italia, lo que indica que Catalina y Juan confiaban en el éxito de las rebeliones internas que se sucedían en Navarra.
A mediados de marzo se iniciaba la incursión en la Baja Navarra. Por una parte, el rey Juan se encargó de sitiar la fortaleza de Saint-Jean Pied-de-Port/Donibane Garazi, enviando al vizconde de Baigorri a ocupar Roncesvalles/Orreaga. Por otra, el mariscal Pedro de Navarra, entró por el puerto de Arrakogoiti (Roncal), donde se le juntaron vecinos movilizados por los valles de Salazar y Roncal. Sin embargo, la incursión apenas tuvo éxito, ya que las inclemencias del tiempo junto a la rápida intervención del coronel Villalva obligaron al mariscal a rendirse el día 25 de marzo. Pocos días después, al acabar el mes, se ponía punto final al segundo intento de recuperación del reino, cuando el rey Juan III se vio obligado a levantar el cerco de Saint-Jean-Pied-de-Port, que fue saqueada por el ejército comandado por Villalva.
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