La guerra civil que asoló a Navarra comenzó, por fecharla, en 1441, recrudeciéndose intermitentemente debido a episodios dinásticos. Carlos III El Noble, de largo reinado, otorgó prosperidad a Navarra, dejando heredera a su hija Blanca, casada en segundas nupcias, con Juan de Aragón, de potente y aviesa personalidad. A la muerte de Blanca, deshereda y combate a sus hijos, Blanca y Carlos, sin potestad para hacerlo, era rey jure uxoris, es decir, consorte, y nombrando, muertos ambos posiblemente envenenados, a su predilecta Leonor, gobernadora del reino y, a su muerte, reina de Navarra. Lo fue por 15 días. La contienda dinástica iniciada por Juan de Aragón en flagrante contrafuero, favoreció el desarrollo de bandos irreconciliables entre sí, Agramonteses y Beamonteses que, en ocasiones, cambiaron lealtades. En el reinado de Catalina (nieta de Leonor) y Juan de Foix, coronados en 1494 en Iruña, los bandos se definen. Los Beamonteses, encabezados por el esperpéntico Luis de Beaumont, y Agramonteses, en el que destacamos al padre de Francisco Xabier, Juan de Jassu, Pedro Navarro… fieles a la corona navarra.
Fernando, hijo de Juan Aragón, tenido con su segunda mujer, hereda de su padre la personalidad y la obsesión de retener Navarra para sí. Combina, para tal fin, los intereses expansionistas de una Castilla guerrera, superpoblada y gobernada con guante de hierro por Isabel la Católica, su esposa, para realizar un plan de sabotaje continuo, azuzando las expediciones guerrilleras del conde Lerín. Culminan sus acciones en 1512 con la entrada del duque de Alba en Pamplona, conquistando a sangre y fuego el reino. Al atacar Francia los intereses aragoneses en Italia, Navarra, por su condición geográfica, a caballo en los Pirineos, frontera de los emergentes reinos peninsulares y continentales, se convierte en presa, dando testimonio de lo que Carlos, príncipe de Viana, dijo: Por todas partes me roen.
Desdichada fue la división del reino en dos partes, el sur soleado y la montaña nubosa, y las secuelas sociales y económicas derivadas de la contienda. Se padecieron pestes y hambrunas, pues los campos fueron incendiados, las cosechas destruidas… Luis de Beaumont realizaba sus incursiones con la tea en una mano y la espada en la otra.
Eran pendencias propias de la Europa de su tiempo, pero favorecieron la pérdida del reino. Trataron de recobrarlo sin fortuna sus reyes legítimos y descendientes pero en la memoria colectiva de estos 500 años, permanece la remembranza del tiempo en que se gozó del bien de la independencia, pese a la mordaza impuesta al acceso a la documentación histórica, las revisiones bibliográficas obligadas en toda historiografía, la escasez de biografías, ensayos, tesis, tratados y novelas históricas sobre el tema… excluyendo a Arturo Campión. Vívido se mantiene el lema de los Infanzones de Obanos: Hombres libres en Patria libre que llega a nuestro siglo tan vital como lo hubo de ser en el XIII, reivindicando usos y costumbres contra el poder real y de la nobleza, y que en la Europa de su tiempo sí que debió de sonar como un clarín de gloria. Hasta la Revolución Francesa poco se habló y nada se practicó de libertad individual y colectiva. Nuestro Fuero sí que guardó esa valiosa sustancia pese a la adversidad a que fuimos abocados con la pérdida y división del reino.