EN tiempos de Sancho VII el Fuerte, Navarra sufrió la pérdida de la parte occidental de su territorio: el Duranguesado, Álava y Guipúzcoa, a manos de Castilla, la cual ya había firmado anteriormente con Aragón numerosos tratados para repartirse nuestro reino. En la invasión castellana cabe destacar el duro asedio de varios meses que tuvo que soportar la ciudad navarra de Vitoria. Doce años después, en 1212, el rey navarro participó en la batalla de las Navas de Tolosa junto a otras monarquías peninsulares, con la intención de conseguir prestigio entre los otros reinos cristianos y poder negociar la recuperación de los territorios usurpados. Pese a ello, Sancho el Fuerte no recibió gratitud alguna por parte de Castilla, ya que ésta jamás devolvió los territorios navarros. No es de extrañar que, a partir de esa grave amputación que sufrió su territorio, Navarra acabase dando la espalda a los reinos hispanos y tomase otros derroteros en su política internacional dirigiendo su mirada al norte. A Europa.
La muerte sin descendencia de Sancho VII propició que subiera al trono su sobrino Teobaldo I, de la casa francesa de Champaña, en abril de 1234, lo que propició que Navarra comenzase a girar en la órbita francesa. A partir de entonces, y hasta el año 1512, cuando se produce la invasión y conquista de Navarra por los ejércitos castellanos, distintas dinastías francesas se suceden en el trono de Navarra, y durante siglos quedó unida la historia de Navarra con la historia de Francia.
En julio de 1512 se produce la invasión en toda regla de Navarra por los ejércitos españoles con el propósito de integrarla definitivamente en la corona de Castilla, y es ocupada, en pocos días, militarmente. Pero como Navarra mantenía lazos estrechos con Francia, ésta colaboró en la organización de un ejército de resistencia franco navarro para liberar al reino del ejército invasor. La resistencia navarra duró 18 años, hasta el año 1530.
El contraataque del ejército leal a los reyes de Navarra no se hace esperar y se produce en octubre de ese mismo año, cuando un ejército formado por navarros, gascones y franceses se adentraron en el reino al mando de Juan de Albret. Varias ciudades del interior se alzaron, como Estella, Villamayor de Monjardín y Tafalla, llegando a sitiar Pamplona. Ante la llegada de refuerzos castellanos por el Perdón, se realizó un asalto precipitado de Pamplona el 27 de noviembre, que fracasó. Debido a la proximidad del invierno, las tropas franco navarras iniciaron la retirada hacia el Baztán.
En el año 1516, por orden de los reyes de Navarra el mariscal Pedro de Navarra realizó gestiones diplomáticas ante la Santa Sede para la recuperación del reino que fueron inútiles, para posteriormente recibir el encargo de recuperar militarmente el reino. A primeros de marzo de este año, y aprovechando la muerte de Fernando el Católico, se prepararon tres cuerpos de ejército para iniciar el segundo contraataque navarro. Al fracasar este segundo intento de recuperar el reino, el ejército franco navarro se replegó al Bearn. En una de las batallas fue apresado Pedro de Navarra, el cual apareció muerto 6 años después en el castillo de Simancas.
Sin éxito en la vía militar, se intentó la diplomática. La última tuvo lugar en Montpellier (1519), no arrojando ningún éxito, por lo que los reyes navarros, apoyados por Francia, realizaron un último intento bélico.
En 1521, mientras la Guerra de las Comunidades asolaba Castilla, tuvo lugar un alzamiento generalizado en toda Navarra, incluyendo las ciudades beaumontesas, al tiempo que un ejército franco navarro que vino por el norte, consiguió reconquistar toda Navarra. Las tropas mandadas por el general Asparrots, compuestas en su mayoría por gascones, sometieron el 15 de mayo San Juan de Pie de Puerto y posteriormente Roncesvalles y Burguete. El virrey de Navarra salió huyendo de Pamplona hacia Alfaro el mismo día 17, siendo asaltado en el camino y saqueado en Esquíroz. En Pamplona, los escasos soldados castellanos se quedaron encastillados en la fortaleza durante dos o tres días. Entre ellos estaba el capitán guipuzcoano Iñigo de Loyola que fue herido en el bombardeo realizado durante seis horas para rendir la plaza. Entre los atacantes se hallaban los dos hermanos de Francisco de Jaso, Miguel y Juan, que se quedarían al cuidado de la ciudad. La recuperación del reino por los franco navarros sólo tardó quince días, fue más fulgurante que la conquista efectuada por el Duque de Alba en 1512.
Tras tomar la capital, las tropas del general Asparrots atravesaron el reino para atacar Logroño. A su paso saquearon Los Arcos que se mantenía fiel a Carlos I, que pertenecía a Castilla desde 1463, y que ofreció resistencia a su avance, pero en lugar de asegurar el territorio, las tropas navarras se dirigieron a Logroño y lo cercaron. El 5 de junio las baterías de Asparrots bombardeaban la ciudad, pero el día 11 tuvo que levantar el cerco e iniciar el repliegue hacia Pamplona, al reorganizarse el ejército imperial.
Durante el repliegue de las tropas de Asparrots, las primeras escaramuzas ocurrieron en Puente la Reina, donde los castellanos perdieron un escuadrón completo de 300 hombres. Posteriormente, y dada las superioridad numérica de las fuerzas castellanas, éstas ocuparon Estella y Puente la Reina. Finalmente presentaron batalla en las cercanías de Pamplona el 30 de junio, librándose en campo abierto la sangrienta batalla de Noáin, con la derrota de los franco navarros y donde murieron más de 5.000 combatientes, casi todos de las tropas de Asparrots, resultando éste herido y preso. Tras esta derrota, los restos del ejército franco navarro se dispersaron, aunque algunos combatientes se hicieron fuertes en el castillo de Amayur, donde resistieron hasta el 19 de julio de 1522, y en Fuenterrabía que resistió hasta marzo de 1524.
Tras una intermitente ocupación de la Baja Navarra por parte de las tropas del emperador Carlos V en 1528, éste decide abandonar el territorio por su difícil defensa.
De esta injusta manera, y al amparo de la ilegalidad, Navarra quedó para siempre divida en dos.
